明治时代初期，挫败了志志雄一伙的阴谋之后，曾经的刽子手拔刀斋绯村剑心（佐藤健 饰）终于和阿薰（武井咲 饰）、左之助（青木崇高 饰）等朋友们迎来了短暂的和平时光。然而曾经那个混乱时代所种下的因，终究要在和平的土壤里开出血色之花。隆隆的炮声击碎了表面的宁静，一伙亡命狂徒向东京发起攻击。领头人名叫雪代缘（新田真剑佑 饰），他正是当年在剑心的面颊和心灵深处留下永久伤疤的雪代巴（有村架纯 饰）的弟弟。姐姐之死让雪代缘从此走向修罗的复仇之路。而剑心也不得不迎头而上，与内心的原罪做出一个了断……